スコアメーカーでは、反復記号の組み合わせに１つでも矛盾がみつかると、演奏時に反復記号がすべて無視されるようになっています。
反復記号の矛盾は「エラーリスト」に表示されます。「エラーリスト」を表示させるには、[表示]メニューの[エラー]にチェックを入れてください。
「エラーリスト」の使い方についてはリファレンスマニュアルのＰ.１７４を参照してください。

また、リファレンスマニュアル（Ｐ.３２９）に、反復記号の組み合わせの注意点が記載されていますので、そちらも参考にしてください。