スコアメーカー4.0の時には、楽譜を開こうとすると[ My Scores ]以外のフォルダが表示されていたのに、スコアメーカー５では、[ My Scores ]が表示されます。
つまり、スコアメーカー4.0とスコアメーカー５で開かれるフォルダの場所が違っているために、“無くなった”ように見えていることが原因のようです。

スコアメーカー５をインストールすると、[ マイドキュメント ]の中の[ My Scores ]というフォルダが保存先に指定されます。
スコアメーカー4.0をご使用の際に、一度でもサンプル楽譜を開いたことがある場合は、[ サンプル楽譜 ]のフォルダが保存先として指定されている場合が考えられます。
スコアメーカー4.0の[ サンプル楽譜 ]フォルダを確認してみてください。
　
確認方法は下記をご覧ください。
　

1. スコアメーカー５を起動します。
    
2. [ファイル]メニューの「楽譜を開く」をクリックします。
   「楽譜を開く」画面が表示されます。
   　
   
    
3. 「楽譜を開く」ウィンドウの、「ファイルの場所」の右にある『∨』をクリックします。
   　
   
   　
4. 次のような画面が表示されますので、[ ローカルディスク(C) ]をクリック（※）します。
   [ ローカルディスク(C) ]をクリックすると、[ ローカルディスク(C) ]の中身が表示されます。
   　
   
   （※）スコアメーカー4.0をインストールしたディスクです。
    
5. [ ローカルディスク(C) ]の中に表示されている黄色いフォルダの[ Program Files ]をダブルクリックします。
   [ Program Files ]をダブルクリックすると、[ Program Files ]の中身が表示されます。
   　 
   
   　
6. [ Program Files ]の中に表示されている黄色いフォルダの[ KAWAI ]をダブルクリックします。
   [ KAWAI ]をダブルクリックすると、[ KAWAI ]の中身が表示されます。
   　
   
   　
7. [ スコアメーカー４ ]の中に表示されている黄色いフォルダの[ サンプル楽譜 ]をダブルクリックします。
   [ サンプル楽譜 ]をダブルクリックすると、楽譜データが表示されます。