お使いの他のソフトの仕様にもよりますが、[ファイルに出力]するときに、フォーマット1で保存すれば、各パートを別々のトラックに保存できます。
フォーマットについては、スコアメーカー４．０楽譜作成マニュアルのP.１９７をご参照ください。

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