認識させると楽譜ファイルと同じ名前で拡張子が IPL というファイルが生成されますが、このファイルは何に使われますか。

楽譜作成モードの[ツール]メニューの[画像表示カーソル]を選択し、スコアメーカーに表示されている楽譜をクリックすると、対応した部分の認識前の元の画像（BMPデータ）が表示されます。
ＩＰＬデータはこの認識前の元の画像（BMPデータ）を表示するための情報ファイルです。