段落の最後の小節線が消えてしまった 。

スコアメーカー3.Xでは、小節線のマスクが可能になりました。
認識した画像で、段落の右端が欠けていたりすると、マスクされた小節線として認識されます。
[表示]メニューの[マスク記号]を オンにしてみてください。
すると表示されていたなかった小節線がグレーで表示されますので、その小節線を選択して右クリックし、「マスクをしない」に設定してください。