認識したい楽譜の状態はどうでしょうか？
コピーをした楽譜は、五線や音符の符尾などがかすれたり、線が切れてしまうことが多くなります。
また、濃くなりすぎて音符や記号がつぶれてしまったりすることもあります。
これでは最適な認識率は得られません。
コピーした楽譜の認識はお奨めできません。

楽譜をスキャナにセットするときに、楽譜の傾き具合によっては認識率に影響する場合があります。
正しくセットしてください。
　

解像度が正しく設定されているかどうか確認してください。
元の楽譜の五線の高さ（第１線から第５線までの高さ）が7mmの楽譜で300dpi、5mm程度の楽譜では600dpi位でスキャンします。ただし、解像度が高ければ高いほど認識率が上がるという訳ではありません。

画像の濃さを確認してください。
白黒２値としてスキャンしている場合は、グレースケールでスキャンしてみてください。
認識に最適な濃さに自動設定します。
逆にグレースケールでスキャンしている場合は、白黒２値で、スキャンする濃さを変えながら最適な濃さを探してください。
白黒２値の濃さの変更方法は、各スキャナの取り扱い説明をご覧ください。