表示ではヘ長調なのに、[移調]で全パートを移調しようとしたとき、ハ長調と認識されています。
表示されているへ長調から移調する方法はありますか。

[設定]メニューの[曲全体の設定]で、調号を設定します。
調号をボタンを押して設定する調を選び、[OK]をクリックします。
　　　
リズム譜表や伴奏コード譜表を含む場合などにこの現象が起きる可能性があります。