お使いの他のソフトの仕様にもよりますが、[SMF形式で保存]するときに、フォーマット1で保存すれば、各パートを別々のトラックに保存できます。
  
※詳しくは、「リファレンスマニュアル」をご参照ください。
スコアメーカー3.1をご使用の方はP.196,197を、スコアメーカー3.0をご使用の方はP.193、P194をご覧ください。