認識したい楽譜の状態はどうでしょうか？
コピーした楽譜など、印字品質が良くない楽譜をスキャンすると、五線や音符の符尾がかすれたり、線が切れてしまうことが多いため、認識率が悪くなります。
  

楽譜をスキャナにセットするときに、楽譜の傾き具合によっては認識率に影響する場合があります。正しくセットしてください。
   

解像度が正しく設定されているかどうか確認してください。元の楽譜の五線の高さ（第１線から第５線までの高さ）が7mmの楽譜で300dpi、5mm程度の楽譜では600dpi位でスキャンします。それより解像度が低くても、適正な認識率は得られません。