プロジェクトファイルは、認識モードで取り込んだ画像全てをとりまとめ、認識モードの設定や、五線の構成の編集結果と合わせて一つのファイルにしたものです。プロジェクトファイルとして保存しておくと、後で認識をやり直す場合に、改めて楽譜をスキャンしたり、画像ファイルを登録しなおしたりする必要がありません。また、プロジェクトファイルがあると、認識後に元画像と見比べながら、認識結果の修正がおこなえます。
プロジェクトファイルは画像を含むため、ファイル容量はかなり大きくなります。楽譜を認識した後、修正や編集を完了した楽譜については、プロジェクトファイルは必ずしも必要ではなくなります。その場合はプロジェクトファイルは削除しても構いません。
認識後に、楽譜ファイルを別のハードディスクやフォルダに移動すると、関連するプロジェクトファイルとの関係が切れます。この場合、その楽譜ファイルを開くときに、関係するプロジェクトファイルを指定しなおすダイアログが表示されます。